Ректорська Рада Альянсу включає лідерів закладів вищої освіти, які формують стратегію розвитку Альянсу та плани діяльності організації. Ректори університетів-учасників Альянсу зустрічають раз на півріччя з метою аналізу діяльності організації та визначення майбутніх пріоритетів. Головою Ректорської Ради Альянсу є Тарас Добко, ректор Українського католицького університету.