Управлінська команда Альянсу провадить операційну координацію роботи організації та її груп. Члени управлінської команди координують діяльність їх університетів у рамках Альянсу, планують спільні програми та проєкти.
Головою управлінської команди Альянсу є Іван Козій, проректор з науково-педагогічної роботи Сумського державного університету.
Щороку цю посаду обіймає інший учасник управлінської команди.
Попереднє управління:
2023-2024 – Дмитро Шеренговський, проректор із зовнішніх зв’язків та суспільного служіння Українського католицького університету
2024-2025 – Андрій Сідляренко, радник ректора з питань розвитку студентів та зв’язків з випускниками у Київській школі економіки
Попередні члени управлінської команди:
2023-2024 – Костянтин Кириченко, начальник управління міжнародного співробітництва Сумського державного університету
2023-2024 – Микола Трегуб, проректор з науково-педагогічної, навчально-виховної роботи та перспективного розвитку НТУ «Дніпровська політехніка»